聚合酶链式反应是一种用于放大扩增特定的DNA(或RNA)片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的特点,是能将微量的DNA大幅增加。因此,无论是化石中的古生物、历史人物的残骸,还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液,只要能分离出一丁点的DNA,就能用PCR加以放大,进行比对。这也是“微量证据"的威力之所在。
1、引物的设计:
引物需要自己查找文献或者自己设计,然后交给合适的生物公司来帮我们合成,合成引物,每管装1OD。拿到引物后需要加水溶解,但是因为引物是看不见的,所以为了防止溶解过程中引物的丢失,拿到引物后先高速离心(10000rpm, 4°C离心2min)再进行加水溶解(ddH2O)。
水的体积按引物浓度稀释100倍,溶解好的引物用小管分装,每管装50μl即可,分装后放-20°C保存。
2、制作模板:
模板的制作可以直接借助试剂盒,一般情况下Trizol的试剂可以满足需要,直接按照试剂盒提示来做就可以了。
3、建立体系、上机:
PCR需要用到的DNA聚合酶、buffer、dNTPs。而经常用的DNA聚合酶有Taq酶,买的同时会附送10×buffer(主要成分是KCl、Tris-HCl和MgCl2,有些还有(NH4)2SO4)。
做PCR之前要提醒大家一点,不是所有的PCR都用同样的反应体系的,也就是说PCR体系里用到的试剂除了10×Taq Buffer以外,其它其实都是需要摸条件的,但是按大多数情况来说,需要调整的并不多,可能需要调整的主要试剂是MgCl2(其实是要调整Mg2+的浓度);可能需要控制的条件主要是退火温度。
4、跑胶验证:
在电泳之前,需要进行凝胶的配制,凝胶液配制的过程并不复杂,先用天平称取适量的琼脂糖粉末,加入到一定体积的1×TAE(Tris、乙酸、EDTA)缓冲液中,微波炉加热至沸腾,拿出来摇匀,帮助粉末溶解,反复沸腾多次直到粉末溶解。待溶液不烫手,将核酸染料加入溶液中摇匀,接着将溶液趁热倒到做胶的凝胶板上,插上梳子(用来预留加样孔),等半小时左右胶凝固拔下梳子,连胶带板一起放到电泳槽中,加电泳液至淹没整块凝胶(电泳槽中的电泳液也用1×TAE缓冲液)。
然后将loading buffer与样品混合,加入到凝胶小空(“梳子"形成的洞)中,DNA maker作为对照,同样加入到筛孔中,然后插上电源开始跑胶就可以了,凝胶上有颜色的有两条带,等到前面的蓝色带跑到整块胶的2/3处停止电泳(断电),然后把胶拿出来,放到紫外光下观察条。